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曾参与上海市重大课题（NO.20014909002）“清洁级东方田鼠种群建立和抗血吸虫病分子机制研究”的研究工作，曾主持农业部动物寄生虫学重点开放实验室开放课题“东方田鼠天然抗日本血吸虫病机制研究”， 同济大学医科发展基金项目“日本血吸虫色素体外形成影响因素的研究”等的研究工作。近年来参与国家科技部973计划课题（NO.2007CB513106）“血吸虫感染的免疫应答及调控机制”的研究工作。目前主持国家自然基金项目（NO.81071383）“日本血吸虫雌虫在雌雄合抱前后差异表达miRNA的鉴定及功能分析”研究。
主要学术论文（2008-今）：
Xue X, Sun J, Zhang Q, Wang Z, Huang Y, Pan W. Identification and characterization of novel microRNAs from Schistosoma japonicum[J]. PLoS ONE. 2008, 3(12):e4034.
孙军，吕炜，江洪波.血吸虫色素类似物（beta-hematin）体外形成系统的初步研究[J].复旦学报.2008，47(3)：359-363.
孙军，陈波，龙燕妤.氯喹在体外对疟色素形成的条件性抑制[J].中国寄生虫学与寄生虫病杂志.2009, 27(2):120-124.
Wang Z, Xue X, Sun J, Luo R, Xu X, Jiang Y, Zhang Q, Pan W. An "In-Depth" Description of the Small Non-coding RNA Population of Schistosoma japonicum Schistosomulum[J]. PLoS Negl Trop Dis. 2010，4(2):e596.
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